Учебная программа рассчитана на 4 года. 

В течение первых 2-х лет студенты изучат фундаментальные (core) дисциплины по компьютерным наукам, а на 3–4 год обучения выберут курсы по специализациям: Управление разработкой программным обеспечением (Software Engineering), Искусственный интеллект (Artificial Intelligence), Системы управления большими данными (Data Science), Робототехника (Robotics), Безопасность компьютерных систем и сетей (Information Security).

Ведущие международные ученые и практики проводят обучение на английском языке, выпускникам Университет гарантирует трудоустройство в компаниях-партнерах. Студенты Университета Иннополис проживают на территории современного кампуса и получают стипендию от 12 до 36 тысяч рублей в месяц.

Кандидаты на поступление на первый курс пройдут тестирование на знание английского языка, принимаются результаты ЕГЭ по математике и информатике или физике, также оценивается портфолио. Так, например, участие в IT-олимпиадах и конкурсах станет преимуществом. При успешном прохождении отбора выпускники школ получат грант, который покроет 100% стоимости обучения. Университет принимает на первый курс не только выпускников 11 класса, но и студентов 1–3 курсов других технических вузов. Студенты, прошедшие отбор на 1-й курс, получат грант в размере от 90 до 100% стоимости обучения. На отборах будут оценивать их академическую успеваемость и знание английского языка.

Подать заявку на отбор можно на сайте university.innopolis.ru/get-in/: выбрать программу «Бакалавриат компьютерных наук (1 курс)» и заполнить анкету в личном кабинете абитуриента. По итогам рассмотрения документов часть кандидатов получит приглашение на очный отбор.